Koordination der sicherheitspolitischen Instrumente
Das SEPOS hat in der nationalen Sicherheitspolitik eine Koordinationsaufgabe: dafür zu sorgen, dass die sicherheitspolitischen Instrumente der Schweiz aufeinander abgestimmt sind und kohärent eingesetzt werden. Dafür nutzt das SEPOS verschiedene Gremien. Zum Beispiel leitet das SEPOS die Kerngruppe Sicherheit und bereitet die Beratungen des Sicherheitsausschusses des Bundesrates unter Leitung des Chefs VBS vor. Es leitet auch thematische interdepartementale Arbeitsgruppen, z.B. zu Beeinflussungsaktivitäten und Desinformation.
Das SEPOS begleitet sicherheitspolitisch relevante Geschäfte anderer Bundesämter und achtet darauf, dass sicherheitspolitische Aspekte berücksichtigt werden. Dazu gehören die Armeebotschaft der Gruppe Verteidigung oder Arbeiten im Bereich der Aussen- und Wirtschaftspolitik. In manchen Fällen liegt die Führung von Projekten, die verschiedene Bundesämter und allenfalls die Kantone tangieren, beim SEPOS. Ein Beispiel dafür ist die Weiterentwicklung des Dienstpflichtsystems. Auch mit dem Nachrichtendienst des Bundes besteht eine enge Zusammenarbeit. Das SEPOS nimmt die Lagebeurteilungen des Nachrichtendiensts auf und leitet daraus politische Handlungsoptionen für die sicherheitspolitische Führung ab. Dies trägt insbesondere zur sicherheitspolitischen Antizipation bei.
Darüber hinaus bringt das SEPOS sicherheitspolitische Perspektiven in andere Politikbereiche ein. Mit dem Staatssekretariat für Wirtschaft arbeitet es bei Gesuchen zu Kriegsmaterialexporten zusammen. Mit dem Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation pflegt es einen regelmässigen Austausch zum Schutz von Forschung und Schlüsseltechnologien.